El territorio es casi completamente plano, debiéndose mencionarse expresamente la importancia paisajística y ecológica de las estribaciones de la Sierra del Becerrero (Cerro de Guichón y Piedra del Águila), catalogados como espacios protegidos, con la calificación de Complejo Serrano de Interés Ambiental (CS-22), según el Plan Especial de Protección del Medio Físico de la Provincia de Sevilla; y el Monte Hacho y el Hachillo, que suman a su interés paisajístico la existencia de yacimientos arqueológicos.

El núcleo urbano de Lora de Estepa se asienta sobre las laderas norte de estribaciones serranas cretácicas y en menor medida jurásicas que arropan el término municipal en su zona Sur. Al norte del núcleo continua la formación cretácica con algunos cerros aislados entre los que destaca el Monte Hacho y el Hachillo. Al este aparece una extensa llanura ligada al curso del río de las Yeguas.

Encontramos en la zona cuatro formaciones geológicas principales, que presentan litología de calizas, margas conglomerados arenas, lutitas, dolomías, arcillas abigarradas, areniscas rojas, y yesos.

Debido al elevado carácter calcáreo dada a naturaleza de la roca madre, encontramos cuatro grupos principales de suelos: luvisol cálcico, cambisol cálcico, regosales calcáreos y litosoles.

El territorio lo ocupan en su mayor parte formaciones agrarias, encontrándose relegada la vegetación natural, fundamentalmente, a las laderas de las sierras presentes en el municipio, allí donde las prácticas agrícolas no son viables.